Tarp suvažiavimų Žemės ūkio rūmų veiklai vadovauja taryba, kuri formuojama trejų metų laikotarpiui. Į tarybą kiekvienas narys deleguoja savo atstovą.
Tarybos posėdžiai šaukiami ne rečiau kaip kartą per metus.
Taryba vykdo šias funkcijas: užtikrina suvažiavimo nutarimų įgyvendinimą, tvirtina Rūmų metinį darbo planą, biudžetą ir ataskaitą apie jų vykdymą, sušaukia ir organizuoja suvažiavimus, renka prezidiumą bei kt.
Tarybos posėdžiuose svarstomi aktualiausi žemės ūkio ir kaimo plėtros klausimai bei ginami žemdirbių ir visų kaimo gyventojų interesai.