Tarp tarybos posėdžių Žemės ūkio rūmų veiklai vadovauja prezidiumas, kurį taryba renka iš savo narių. Prezidiumas dirba pagal patvirtintą planą, jo posėdžiai rengiami ne rečiau kaip vieną kartą per du mėnesius.
Prezidiumo funkcijos: steigti padalinius, įmones ir kitas organizacijas, koordinuoti jų veiklą, nuspręsti stoti į tarptautines organizacijas, priimti ir šalinti narius, siūlyti garbės narių kandidatūras ir kt.
Prezidiumo posėdžiuose svarstomi patys aktualiausi žemės ūkio ir kaimo plėtros klausimai bei ginami žemdirbių ir visų kaimo gyventojų interesai.